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1979年，担任动作犯罪电影《行规》的助理导演。1980年，担任剧情电影《救世者》的助理导演；11月29日，担任助理导演的惊悚电影《山狗》在中国大陆上映。1981年4月24日，担任助理导演的剧情电影《胡越的故事》在中国大陆上映，该片由周润发、缪骞人、钟楚红联袂主演。
1982年，担任剧情电影《投奔怒海》的助理导演，该片由许鞍华执导。1983年12月9日，担任助理导演的爱情电影《花城》在中国内地上映。1984年，担任爱情电影《倾城之恋》的助理导演，该片改编自张爱玲同名小说。
1985年，执导个人第一部电影《女人心》，从而开启了他的导演生涯，他凭借该片入围第5届香港电影金像奖最佳导演奖。1986年，执导由梁朝伟、温碧霞合作主演的爱情片《地下情》，该片讲述了少女阮贝儿和她来自台湾的两位女友廖玉屏、赵淑珍的故事，入围第6届香港电影金像奖最佳影片奖，而他也凭借该片入围第6届香港电影金像奖最佳导演奖；同年，担任剧情电影《梦中人》的助理导演。
1987年，执导改编自李碧华同名小说的爱情片《胭脂扣》，该片由梅艳芳、张国荣联袂主演，入围第24届台湾电影金马奖最佳影片奖、第6届意大利都灵国际电影节评审员特别大奖，而他也凭借该片获得第8届香港电影金像奖最佳导演奖；同年，担任动作电影《龙兄虎弟》的助理导演。
1989年，执导由张艾嘉、张曼玉合作主演的剧情片《人在纽约》，该片获得第26届台湾金马奖最佳剧情片奖；同年，策划由温碧霞、钟镇涛共同主演的爱情电影《少女心》。
1991年，执导由张曼玉、梁家辉共同主演的传记片《阮玲玉》，该片获得第28届金马奖评审团特别推荐奖、第42届柏林国际电影节银熊奖，而他也凭借该片获得第28届芝加哥国际电影节最佳导演奖。1993年12月18日，策划的剧情电影《阿婴》在中国香港上映。
1994年，执导由赵文瑄、陈冲、叶玉卿联合主演的剧情片《红玫瑰白玫瑰》，该片讲述了留洋回来的振保与两个女人之间的感情纠葛，入围第45届柏林国际电影节主竞赛单元，他凭借该片获得第31届台湾金马奖最佳编剧奖。
1995年，担任动作电影《狂情杀手》的制片人，该片由任达华、刘永、张敏联袂主演。1996年，关锦鹏借为纪念世界电影诞生100周年，拍摄了纪录片《男生女相》，同时在威尼斯电影节上公开自己的同性恋身份。
1997年，执导剧情片《愈快乐愈堕落》，该片讲述了同性恋者小哲爱上已婚男人冯伟并与冯伟的妻子月纹发生性关系，在想象中完成与冯伟的肌肤之亲的故事，入围第48届柏林国际电影节主竞赛单元；同年，执导纪录片《念你如昔》，入围第34届台湾电影金马奖最佳纪录片奖；此外，还监制了爱情电影《飞一般爱情小说》，该片由叶锦鸿自编自导，钟汉良、舒淇、李绮红联合主演。
1999年，担任剧情电影《心猿意马》的制片人，该片由李志超执导，容祖儿、黎姿合作主演；同年，监制由梁家辉、吕丽萍共同主演的剧情电影《天上人间》。
2000年，执导由大泽隆夫、舒淇、李嘉欣领衔主演的剧情片《有时跳舞》，该片入围第50届柏林国际电影节主竞赛单元。2001年，执导爱情家庭片《嫁错妈》；同年，执导以同性恋为题材的爱情片《蓝宇》，该片由胡军、刘烨共同主演，获得第2届华语电影传媒大奖最受欢迎影片奖，他凭借该片入围第21届香港电影金像奖最佳导演奖。2002年，担任爱情剧《雪地里的星星》的制片人，该片由张中一执导，何润东、陈怡蓉合作主演。
2003年，与牛乐合作执导改编自石楠同名长篇小说的爱情剧《画魂》，该剧由李嘉欣、胡军、伊能静联袂主演，讲述了潘玉良从青楼女到小妾再到名画家的人生际遇，以及她缠绵悱恻的情感世界，他凭借该剧获得第4届中国电视艺术双十佳导演奖；同年，监制由黎妙雪执导的爱情电影《恋之风景》，该片由林嘉欣、刘烨、郑伊健联袂主演；此外，还担任了爱情惊悚电影《妖夜回廊》的制片人，该片由吴彦祖、蒋怡等领衔主演。
2004年，担任剧情电影《做头》的制片人，该片改编自作家唐颖的系列小说《红颜》。2005年，执导由郑秀文、梁家辉合作主演的剧情片《长恨歌》，该片入围第62届威尼斯电影节主竞赛单元。
2007年，执导的爱情年代剧《一世情缘》播出，该剧由孙俪、唐于鸿、高云翔联合主演，讲述了一个旗袍世家近半个世纪的兴衰沉浮；同年，担任传记剧《霍元甲》的制片人，该片翻拍自1981年黄元申版的电视剧《大侠霍元甲》，由鞠觉亮、邹集城合作执导。
2008年，监制的爱情喜剧电影《渺渺》首映，该片由程孝泽执导，范植伟、柯佳嬿、张榕容联袂主演。2009年1月4日，担任制片人的爱情剧《败犬女王》在台湾台视播出，该剧由林清振执导，杨谨华、阮经天领衔主演；同年，执导由司雯、马臣搏、蔡鹏飞联袂主演的剧情片《用心跳》。
2010年，关锦鹏担任第67届威尼斯电影节处女作单元评委，他也是该届电影节评委会中唯一的华人评委；同年，成为第一届艺术与设计大奖赛候选人。2011年，关锦鹏担任第13届台北电影节评审团主席；同年，与阿彼察邦·韦拉斯哈古、布里杨文杜沙、何宇恒联合执导的剧情片《香港四重奏2》首映，该片讲述了四名导演他们各自眼中的香港风情。
2012年，担任青春片《致青春》的制片人，该片改编自作家辛夷坞的同名小说；5月11日，担任制片人的爱情片《影子爱人》在中国大陆上映，该片由潘源良执导，张柏芝、权相佑共同主演。
2013年，执导由阮经天、孙松、朱佳煜联袂主演的家庭微电影《幸福ELIFE之给爸爸的照片》。2015年，与岩井俊二、魏德圣联合监制的爱情电影《恋爱中的城市》在中国大陆上映。
2016年1月22日，监制的爱情片《欢·爱》在圣丹斯电影节首映，该片由郭晓东、余男、孙怡联合主演；4月15日，监制的爱情电影《纽约纽约》在中国大陆上映，该片由罗冬执导；8月，监制的爱情片《谎言西西里》上映，该片由李准基、周冬雨合作主演；此外，还执导了由叶童主演的剧情微电影《是这样的》。
2017年12月1日，监制的灾难爱情电影《南极绝恋》在中国大陆上映，该片根据吴有音同名长篇小说改编，由赵又廷、杨子姗合作主演，讲述了一对本该“绝缘”的男女在一次意外事故后被迫滞留南极的故事。
威尼斯国际电影节
柏林国际电影节
香港电影金像奖
台湾电影金马奖
华语电影传媒大奖
香港电影金紫荆奖
其他奖项
关锦鹏创作认真，风格婉约细腻，多以女性或同性恋者为关注对象，带有浓郁的女性主义倾向。他一直是香港影坛别具一格的导演，他的作品偏离于香港传统商业电影的作风，善于将人物的爱恨纠缠放置于大时代变迁的宏大叙事体中进行解构。他的作品目光锐利，在创意上勇气可嘉。
关锦鹏电影中的女性形象颠覆了传统的女性他者角色，建构了一个个独立、勇敢而又有鲜明女性意识的女性形象群体。他的身体语言是内敛的，但不做假。在纪录片《男生女相：中国导演之性别》中，关锦鹏巧手编织，用性别的角度切入中国电影史，既个人又群体，既主观又客观，娓娓述来，有条不紊。它的自在坦然，丰富多面，使纪录片透出难得的趣味性。